字可远，又字无垢。明代兖州东阿（今地属平阴县东阿镇）人。嘉靖四十年（1561年）中举人。隆庆二年（1568年）中进士，选为为庶吉士，授翰林院编修。万历初年，参修实录，事竣后，升为修撰，充皇帝日讲官。于慎行为人忠厚老实，一次讲课完毕，神宗拿出御藏书画，令众官分别赋诗题字。于慎行作诗后请人代题，并当众承认自己不擅书法。神宗赞赏很赞赏，当即写“责难陈善”赐于他。御史刘台因弹劾首辅张居正被逮入狱，亲朋好友惧怕牵连不敢前往探视，于慎行却常去控望。后因上疏阻止张居正丁忧夺情而遭张忌恨，被迫称病返乡。张居正死后，于慎行复出。时张居正被抄家，于慎行不计前嫌，请求照顾张居正的老母及未成年的孩子。后于慎行由侍读学士升礼部右侍郎，不久升礼部尚书。于慎行谙熟典制，朝中典礼多由其裁定，曾作太庙祧迁考，以纠正混乱的皇帝世系。万历十八年（1607年），上疏要求早立太子，以定国本，忤神宗皇帝旨意。后因山东乡试漏题事件，于慎行引咎辞官返乡。居家十余年中，朝野上下多次荐他出山，终未获神宗皇帝批准。万历三十五年（1607年），太子已立，朝廷荐举内阁大臣，于慎行名列被推举的7人之首，诏加太子少保兼东阁大学士，入阁办事。这时于慎行已重病缠身，勉强进京。不久卒于官邸。赠太子太保，谥号“文定”。
　　于慎行“学有原委，贯穿百家”（《明史·于慎行传》），在文学上造诣很深，神宗时，词馆中以其与冯琦并称“文学之冠”。在家闲居的十多年间，探讨当世得失之故，旁搜博采，属词比事。著有《谷城山馆文集》20卷、《读史漫谈》14卷、《兖州府志》52卷、《谷山笔麈》18卷。